• 若生產過程使用機械、肥料及殺蟲劑，生物乙醇對環境的損害比石油燃料更大。
• 生物乙醇帶來負能源投資回報率 (EROI)。

美國及歐盟的乙醇項目大量依賴食物農產品作給紏，聯合國嚴厲批評此舉加劇全球食物危機。因此，中國於 2007 年中禁用谷物生產生物乙醇。另一次對生物乙醇有重大影響的動議則為即是時凍結所有第一代生物燃料的投資，由聯合國糧食特別報告員於 2008 年 5 月 2 日通過。